มูลนิธิเอิร์ธแคร์ดำเนินการภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการบริหาร ประกอบด้วยกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิ 4 ท่านจากสาขาอาชีพต่าง ๆ ที่มีแนวคิดสอดคล้องกับพันธกิจของมูลนิธิในการดูแลและปกป้องโลก คณะกรรมการบริหารทำหน้าที่ให้คำแนะนำและแนวทางแก่มูลนิธิในลักษณะอาสาสมัคร โดยมีหน้าที่อนุมัติทิศทางเชิงกลยุทธ์ของมูลนิธิ การกำกับดูแลแผนปฏิบัติงานประจำปี และการอนุมัติงบประมาณประจำปี มูลนิธิฯ ดำเนินนโยบายการบริหารจัดการด้านการเงินและการให้ทุนอย่างเข้มงวดเพื่อให้เกิดระบบการตรวจสอบและถ่วงดุลที่เข้มแข็ง คณะกรรมการที่ปรึกษาประกอบด้วยที่ปรึกษาอิสระ 2 ท่าน ซึ่งปฏิบัติหน้าที่ในลักษณะอาสาสมัครและจัดประชุมปีละ 3 ครั้ง เพื่อตรวจสอบและอนุมัติการใช้จ่ายเงินทุนตามแผนปฏิบัติงานและความคืบหน้าในการดำเนินงาน เพื่อให้มั่นใจว่าการบริหารโครงการและการเงินเป็นไปอย่างโปร่งใสและมีความรับผิดชอบ

บัญชีการเงินของมูลนิธิได้รับการจัดทำตามมาตรฐานการรายงานทางการเงินของฮ่องกง และได้รับการตรวจสอบโดยบุคคลภายนอกซึ่งเป็นสำนักงานบัญชีอิสระ